사업자가 가장 두려워하는 것 중 하나인 세무조사는 정기조사와 특별조사로 나눌 수 있습니다.

 
정기조사란 5년마다 한 번씩 무작위로 받게 되는 것이고, 특별세무조사란 특이 정황이 포착되어 받게 되는 조사를 말합니다.
 
세무조사를 받게 되면 심리적으로 위축되고, 자칫 높은 가산세를 부담해야 할 수도 있습니다. 따라서 사업자는 세무조사시 주요 적출사항에 대해 미리 숙지하고 평소에 잘 관리해야 합니다. 아래의 사항은 세무조사시 문제가 되는 대표적인 사례들이므로 주의해서 관리해야 합니다.
 
1. 업무용승용차와 차량운행일지 - 업무용승용차 관련 경비는 차량운행일지를 쓰지 않는 경우 1,500만원까지 인정받을 수 있습니다. 만약 차량관련비용(감가상각비, 리스료, 렌트료, 유류대, 수리비, 보험료, 자동차세 등)이 1,500만원을 초과하는데, 차량운행일지를 쓰지 않았다면 세무조사 시 문제가 될 수 있고, 그만큼 세액이 추징되게 됩니다.
 
2. 특수관계자 인건비와 사적경비 - 법인 대표의 특수관계자(배우자, 직계존,비속 등)가 실제로 회사에 근무하지 않으면서 급여를 받는 경우도 문제가 됩니다. 또 정당하고 합리적인 사유 없이 유사한 직급의 다른 사원보다 현저하게 높은 급여를 받는 경우에도 세무조사 대상이 될 수 있습니다. 또 대표와 특수관계자가 사업과 관련이 없는 사적 경비를 법인 비용으로 처리하는 경우 그만큼 세액이 추징되는 것은 물론 가산세(신고불성실, 납부불성실)도 함께 부담해야 하므로 유의해야 합니다.
 
3. 연구인력개발 세액공제의 적정성 - 중소기업이 절세 목적으로 많이 활용하는 제도 중 하나가 연구인력개발세액공제입니다. 당기 발생액 기준으로 25%를 세액공제를 받을 수 있기 때문에 절세효과가 매우 크기 때문입니다.
 
이 제도는 연구 개발에 종사하는 연구개발 전담인원의 인건비, 그리고 연구 개발비에 대해서만 세액공제를 받아야 하지만 그렇지 않은 경우 공제받은 세액만큼 추징당하게 됩니다.
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